真菌毒素是真菌在食品或飼料里生長所產生的代謝產物，對人類和動物都有害。真菌毒素造成中毒的最早記載是11世紀歐洲的麥角中毒，這種中毒的臨床癥狀曾在中世紀的圣像畫中描述過。由于麥角菌的菌核中會形成有毒的生物堿，所以這種疾病至今仍稱為麥角中毒。急性麥角中毒的癥狀是產生幻覺和肌肉痙攣，進而發展為四肢動脈的持續性變窄而發生壞死。

目前已經知道，吃了用發霉的糧食做的面包會生病。這一廣泛流行的中毒現象，在歐洲先被稱為“靈火”，后來又稱為圣安東尼之火。造成較大社會影響的真菌毒素中毒事件有1913年俄羅斯東西伯利亞的食物中毒造成的白細胞缺乏病，1952年美國佐治亞州發生的動物急性致死性肝炎和1960年英國發生的火雞大量死亡。我國50年代發生的馬和牛的霉玉米中毒和甘薯黑斑病中毒、長江流域的赤霉病中毒、華南的霉甘蔗中毒等。真菌及其毒素與癌癥的發生有密切的關系。癌癥的高發地區與食物中帶染真菌和存在真菌毒素有關。

真菌毒素污染大米可造成黃變米，即失去原有的顏色而表面呈黃色的大米，主要由黃綠青霉、島青霉、橘青霉等霉菌的侵染造成。黃綠青霉可產生神經毒素，急性中毒表現為神經麻痹、呼吸麻痹、抽搐，慢性中毒表現為溶血性貧血。島青毒產生的黃天精和環氯素引起肝內出血、肝壞死和肝癌。橘青霉產生的橘青霉素毒害腎臟。有一些出血綜合癥也是由真菌毒素引起。如擬分枝鐮刀菌和梨孢鐮刀菌產生的T2毒素，其急性癥狀為全身痙攣，心力衰竭死亡；亞急性或慢性中毒常表現為胃炎，惡心，口腔、鼻腔、咽部、消化道出血，白細胞極度減少，淋巴細胞異常增大，血凝時間延長等。葡萄狀穗霉菌產生的毒素引起皮膚類和白血病癥狀，初期癥狀是流涎，鄂下淋巴腫大，眼、口腔粘膜、口唇充血，繼而粘膜龜裂。開始白細胞增多，繼之血小板白細胞減少，血凝時間長，許多組織呈壞死性病變，造成死亡。